Dans le respect des prérogatives de chaque entité, les instances associatives exercent leur fonction de contrôle à plusieurs niveaux :
Un bureau mensuel permet de faire le point sur le fonctionnement de l’IME à partir de l’exposé du directeur.
Un contrôle budgétaire, articulé avec les obligations de production des documents comptables et financiers, se déroule à un rythme bimensuel.
Trois réunions par an dites de « prospective » permettent de conduire des travaux conjointement entre le « bureau associatif » et l’équipe de « cadres de l’institution ».